答：（1）代偿损失900万元不得税前扣除。根据《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）的相关规定，纳税人在申报资产损失时必须满足两个条件：一是对于实际发生损失已向主管税务机关提供证据资料证明该项资产已符合法定资产损失确认条件；二是已就上述损失在会计上按损失进行了处理。
由于被担保公司破产案件法院正在审理，担保公司无法取得法院的裁判文书作为证据材料向主管税务机关申报确认资产损失。因此该项代偿款不符合资产损失确认条件，不得在当年税前扣除。
（2）代偿损失900万元可以税前扣除。按照国家税务总局公告2011年第25号文件第二十二条第（三）款的相关规定，企业应收及预付款项坏账损失的确认，属于诉讼案件的，应出具人民法院的判决书或裁决书或仲裁机构的仲裁书，或者被法院裁定终（中）止执行的法律文书。因此，如果当年破产案件审理完毕，担保公司取得法院裁判文书，并在会计上已作为损失处理，则可以向主管税务机关申报办理确认资产损失税前扣除的相关手续，并于当年税前扣除。