答：（1）关于补偿金是否开具发票问题。《增值税暂行条例》第六条规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
《增值税暂行条例实施细则》第十二条规定，条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
《发票管理办法》第三条规定，本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
根据上述规定，增值税销售额所称的价外费用，包括价外向购买方收取的违约金、赔偿金，但价外收费是纳税人随同销售货物或者应税劳务向购买方收取的。而A公司收取的补偿金是因经济合同纠纷而取得的赔偿，不是随同销售货物向购买方收取的，不属于价外费用，也不属于开具发票的范围。因此，A公司不需要给B公司开具发票，只需出具具备财务票据基本要素的收款收据即可。
（2）关于补偿金能否税前抵扣问题。《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。根据上述规定，B公司因经济合同纠纷而支付的补偿金，属于与生产经营活动有关的、合理的支出，可以在企业所得税税前扣除。